Zařízení vzniklo v roce 1991 z iniciativy okresního výboru Sdružení pro pomoc mentálně postiženým v Hodoníně. Pro tyto účely byl poskytnut objekt městských jeslí, který musel projít rozsáhlou rekonstrukcí. V září 1991 nastoupilo do týdenního pobytu (tehdy ještě) Ústavu sociální péče pro mládež Hodonín 30 dětí. V té době fungovalo zařízení jako součást Okresního ústavu sociálních služeb v Hodoníně se sídlem v Kyjově.
Od 1. 1. 1993 již ústav působil jako samostatná organizace s právní subjektivitou, kterou zřizoval Okresní úřad v Hodoníně. Do funkce ředitelky byla jmenována Mgr. Ludmila Švachová, pod jejímž vedením se podařilo prosadit rozšíření stávajícího zařízení o provoz celoroční. Tento provoz byl určen pro dospělé ženy. V roce 1999 - 2000 tedy proběhla přístavba a další rekonstrukce objektu a v říjnu 2000 zde našlo domov 16 klientek. Podařilo se také změnit skutečnost, že klienti týdenního pobytu mohli v zařízení zůstávat pouze do svých 26 let. Zmiňované omezení již od té doby neplatí.
Od 1. 1. 2003 je zřizovatelem zařízení Jihomoravský kraj. Od února 2005 byli do celoročního pobytu zařazeni i muži.
V únoru 2013 se Zelený dům pohody zapojil do projektu MPSV "Transformace sociálních služeb", jehož cílem je podpořit proces zkvalitňování životních podmínek uživatelů stávajících pobytových zařízení socální péče.
V roce 2015 došlo k registraci nového typu sociální služby Zeleného domu pohody chráněné bydlení.